基督教新教自19世纪传入南京。南京是在1949年以前西方传教士超过100人的少数中国城市之一，有20多座教堂和另外50处聚会场所。今天，南京是中国基督教的全国性中心之一。

圣保罗教堂座落在文化古城南京市太平南路三九六号，由美国圣公会（Episcopal Church U.S.A.）建成于1913～1923年，距今已近百年的历史了，是南京第一座正式的基督教礼拜堂。圣公会是基督教中的一个教派，一九〇九年（清宣统元年）由美籍传教士季盟济（J.M.B.Gill）和马骥（John G. Magee）传入南京，创办了中华圣公会江苏教区。季盟济于一九一〇年在南京马府街一带开始传道。一九一二年在门帘桥大街（今太平南路）购置一座旧屋。次年建造了一座能容纳200人聚会的小礼拜堂，命名为“圣保罗堂”。负责建造该堂的季盟济，1920年回美探亲时，从美国一位贵妇人圣公信徒那里征募到一笔捐款，这位信徒的儿子在第一次世界大战中牺牲，为了祝福世界和平她捐了这笔款子。圣保罗教堂遂开始扩建，请金陵大学著名建筑工程师齐兆昌设计监造，由陈明记营造厂承建。全部建筑费用包括设备为一万二千美元，折当时币四万八千银元。1922年开工，1923年6月竣工，6月8日正式开堂，仍称为“圣保罗堂”，并举行了隆重的祝圣典礼。原来的礼拜堂改作副堂和接待用。此后，圣保罗堂一直是南京最大的基督礼堂。

圣保罗堂典雅精细，按照当时西方流行的复古主义形式设计，规模不大，是一座朴素典雅的西欧乡村式小教堂。

圣保罗堂由圣殿（又称大礼拜堂）、钟楼、布道所、神职人员宿舍和膳房组成，建筑面积约800平方米。主建筑圣殿坐南朝北，砖木结构，局部高3层，通面阔8间11米，进深11檩13.47米，高11米，连钟楼在内，建筑面积485平方米。圣殿墙体外墙下部用的是明城墙砖，上部用的是青砖，全部经过加工磨光。墙壁以清水勾缝。圣殿内部为中国传统建筑普通人字形屋顶，木结构，屋面覆方形水泥平瓦。圣殿所有的窗座、门扇、墙中部环箍、钟楼顶屋、城堡式的垛堞和封盖以及内柱脚、拱座全是采自高资山的白石。堂内的读经台、讲座台、洗礼池、圣坛和栏杆柱等也是用白石磨光精制而成。砌在墙上的环箍、拱座内侧石面上，精刻了程通甫先生缮写的经文，由江鉴祖会长在经文上贴上金箔。

建筑的顶部是高耸的钟塔，钟楼高18.2米，上钟楼的螺旋式阶梯，是水泥砌成。凡四十余级至顶层，钟楼悬挂二米直径钟一口。钟声宏亮、远近可闻。

圣保罗堂最盛时期是1935年。由于同道的努力，得到了进一步的发展，基金也显著增加，教徒发展到千余人，还派遣堂牧出国深造。与此同时，还附设了学校、诊疗所等，教友达千人。

民国16年，先驻北伐军，后被国民党市党部占用，第二年归还教会。民国30年（1937年），太平洋战争爆发，日寇侵占南京，我堂诊疗所、布道所、书报堂、主日学课屋及一部份职员宿舍被焚毁。但主建筑侥幸保存下来。

美国圣公会南京圣保罗福音教堂牧师福斯特（Ernest H. Forster）战时留守南京并参加“安全区国际委员会”（Members of the International Committee for Nanjing Safety Zone）的工作，参与救济和保护南京难民。1938年7月出任“国际红十字会南京国际救济委员会”的秘书，至1939年4月离开南京。

日占期间，教堂一度成为难民收容所，一九四三年三月，教堂被日本宪兵队占领，宗教活动被迫迁到丰富路神召会房屋内维持圣工。主日上午仍然举行圣餐及崇拜，下午借新姚家巷协进会布道所举行晚祈。牧师薪金仅靠自己在校外兼课收入维持。女传道则离职去沪谋生。由于日寇暴虐，有些牧师因传道被扣留，教徒见此大都不敢参加宗教活动。抗战胜利后，在圣保罗堂时任会长郭书青牧师的几经交涉和努力下，才被教会收回太平路和白下路两处教产，由傅、汤二位牧师清理堂址，重建大门，修葺房屋，种值花木，始复旧观。一九四五年九月十六日，举行洁净圣殿礼，主日崇拜等，恢复了一切事工。儿童崇拜、儿童主日学、唱诗班、男女传道服务团，妇女聚会、青年团契、圣经班等均完全恢复。到解放初，教徒仍在二、三百人之间。

我堂在抗战前，设有乡村分堂两所，一所在江宁县东流镇，一所在江宁县汤山镇。均由吕筱亭主持。东流、汤山教堂被日寇炸毁，此后未能恢复。

我堂历任主教、牧师：季盟济(J. M. B. Gill 美籍)、郭裴蔚(Frederick Rogers Graves 美籍)、罗培德(William Payne Roberts 美籍)、钟可托、魏希本、毛克忠、郭书青、丁玉璋。1985年至1992年由金陵协和神学院副院长陈泽民教授兼任教堂主任牧师。圣保罗教堂现任主任牧师为阚仁平牧师。

解放后，圣保罗堂照常举行宗教活动。一九五二年圣保罗堂归属市基督教三自爱国会。1959年初，南京市开展“三自”运动，各教派联合，全市仅保留四所教堂，圣保罗堂被更名为“太平路教堂”，至文化大革命前，一直是南京基督教正常礼拜的主教堂之一。1966年至1976年“文革”期间，教堂被江苏光学仪器厂占用，讲坛、圣坛遭到毁坏，墙上经文也被破坏。直到1984年4月，落实宗教政策，教堂归还给南京基督教三自爱国会。

一九八五年七月二十八日，教堂恢复原名，重新开堂，举行了隆重的复堂感恩礼拜，教堂正式对外开放。沉寂了约20年的教堂钟声重新响起，信徒发展到5千多人。

圣保罗堂作为南京教会的窗口，热心接待了来自世界各地友好的基督教代表团，介绍我国按“ 三自 ”原则办好教会的成功经验和神学思想建设方面的情况，摆明了态度，赢得了尊重，增进了友谊。

圣保罗堂的钟声代表著广大信徒的心声，充分发挥圣经中乐善好施的精神，多年来无数次地把关爱送给需要帮助的人，力所能及地做好社会公益事业。

现在，圣保罗堂又被列为为南京市近现代重要史迹及代表性建筑，1982年列为南京市文物保护单位。